отвечаю сам себе, может кому то пригодиться, так как я на поиск решения потратил весь день.
для начала прописываем файл /etc/my.cnf
[client]
host=sql (удаленный сервер)
user=bareos
password=bareos
После этого запускаем скрипты по очереди:
/usr/lib/bareos/scripts/create_bareos_database
/usr/lib/bareos/scripts/make_bareos_tables
/usr/lib/bareos/scripts/grant_bareos_privileges