Укажите какую СУБД используете.
Для увеличения производительности вставки можно отключить/удалить индексы у таблицы, куда происходит вставка. После завершения операции снова включить. Пересоздать индекс после вставки будет быстрее, чем он будет пересчитываться после вставки каждого значения.
Кроме того обычно СУБД поддерживают операции bulk insert (пакетная вставка), возможно для этого придется конвертировать файл в формат, который понимает СУБД. У MySQL вроде такого нет, в этом случае остается только вариант, предложенный
Дмитрий