Файлы можно бэкапить с помощью xcopy, используя аттрибут файла "Архивный" как сигнал о том, что файл был модифицирован после последней архивации. После любой модификации файла аттрибут установится автоматически.
Если надо сжимать, то консольный rar умеет так же работать с этим атрибутом. После архивации файла атрибут сбрасывается. Если правильно помню флаг -ac у него за это отвечает. На счет других архиваторов не знаю, есть ли у них поддержка такой возможности (вроде у старого доброго arj еще была такая фишка).
Собственно, основывая бэкап на использовании этого аттрибута можно накидать не сложный батник для бэкапа, который будет архивировать любым нужным архиватором выбранные файлы. Отбирать файлы по атрибутам можно с помощью dir, архивируем файл, сбрасываем аттрибут, профит.