Путь к файлу у тебя относительный, т.е. он будет зависеть от текущего рабочего каталога. А тот, в свою очередь, зависит от того, как ты запускаешь скрипт, и может меняться в ходе работы скрипта.
Так что если нужен путь именно относительно скрипта, используй pathlib.
from pathlib import Path
from sys import argv
script_dir = Path(argv[0]).parent.resolve() # путь к каталогу скрипта
db_path = script_dir / 'basa' / 'users.db' # путь к файлу в подкаталоге
