Физически начальный загрузчик всегда должен быть в начальной области диска это вторые 512 байт после MBR, а в случае с windows это можно сделать на горячей системе, в помощь видео уроки например trainithard там есть урок связаный с тем как это сделать с пооооодробнейшей иллюстрацией
