Если не пользоваться спец-решениями а ограничиться только веб-программированием то есть два решения, правда оба обаладют тем минусом что не висят в трее. С другой стороны, новая панель задач windows 7 имхо исключает необходимость использования трея, и можно просто иметь открытое окно которое будет висет в панели задач в виде одной иконки.
1
Chromium Notifications Api
— Нельзя запускать с рабочего стола (если не сделать ярлык напряму на админку)
— Не висит в трее
+ выводит уведомления поверх всех окон.
Т.е. пишете панель с уведомлениями хромиума, открываете ее в в этом самом хромиуме (хроме).
2.
IE 9 pinned sites
— не выводит уведомления поверх всех окон
+ можно сделать ярлык на рабочем столе/в меню пуск/на панели задач
+ есть быстрые действия из панели задач/меню пуск (jump list)
+ уведомления можно реализовать в виде мигающей иконки на панели задач и изменения самой иконки.
Мы у себя сделали с IE 9 pinned sites в общемю