Как раз написал недавно статью по этому поводу - sysadm.pp.ua/linux/sistemy-virtualizacii/vagrantfi... . Так как Vagrant использует Ruby синтаксис, можно свободно создать массив из хэшей где можно указывать какой box использовать, сколько RAM выделять под каждую машину индивидуально используя один Vagrantfile.