Проблема была в том что при использование
\R PHP почему-то в autoload функцию отдавал следующее значение 'Model_TableName'', где TableName название таблицы к которой обращаюсь.
Решил просто изменив свою autoload функцию
spl_autoload_register( function($className){
if ( strpos($className, 'Model') !== false ) return false; // иначе при использование \R, пытается загрузить 'Model_TableName'
$className = str_replace('\\', '/', $className);
require_once $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/'.$className.'.php';
})