А вы предполагаете использовать project2, project3 недависимо от project1? Если да, то собирать их отдельно в виде пакетов, потом подключать. Если нет, то может вам сначала собрать всё в одну либу с помощью ilmerge, а потом ее упаковать в .nupkg. Например, consul так собирается.
https://github.com/PlayFab/consuldotnet/blob/maste...