1) может часть файлов по протоколу https запрашиваются а у сайта протокол http?
если .settings.php переносили и там параметр
"https_request" => array(
"value" => true
)
остался
или В файле /bitrix/php_interface/dbconn.php насильно проставили $_SERVER["HTTPS"] = "on";
2) может файлы лежат в папках где доступ через .htaccess закрыт?
