Ипатьев, всё, что описывается как JSON - прекрасно ложится в JSON, в том числе и Collection и его потомки.
Возможно, вы предлагаете заморочиться, и слабзать нормализованную структуру в РСУБД. Но вопрос был - в другом.
Ну и если вы говорите, что так нельзя, потому что нарушается ссылочная целостность, то хорошей практикой дизайна БД является логическое удаление, а не физическое, особенно - если дело касается случая, описанного топик-стартером.