можно сделать через autoload, пример с подменой зависимого пакета Psr/Log для monolog/monolog
{
"require": {
"monolog/monolog": "^1.23"
},
"autoload": {
"psr-4": {"Psr\\Log\\": "./.package/log/Psr/Log"}
}
}
само сабой выполнить команду:
composer dump-autoload 
