Рафаиль Бектемиров

Вообще много не понятного, что за система, куда делаются бэкапы, чем и т.д.:

Как вариант:
1. Проверяй диски или рэйд (нет рассинхрона и т.д.)
2. Бэкапит на этот диск или по сети?
3. Не появилось ли много и мелких файлов?
...

Возможно одно из простых решений это использование тонких клиентов.
К примеру Thinstation.
Настраиваешь загрузку по сети и каждый пользователь работает сам по себе и никому не мешает.