Попробуй в /usr/rc.local написать команду:
sudo su -c "VBoxManage startvm vmname --type headless" username
startvm - имя виртуальной машины
username - имя пользователя, от которого виртуалки крутятся, дело в том, что команда выполняется от root и нужно указать именно пользователя в домашней папке которого лежал виртуальные машины
мне помогло))
здесь подробно