Как настроить реферов только из органики?

Клоакинг - это совсем другое.
В моем случае - ПС должна видеть ровно то, что и будут видеть пользователи приходя на сай через нее.
Мне нужно не пускать только прямые заходы.

И это сделать можно, потому что есть пример реализации

Как настроить реферов только из органики?

Pan Propan: это не важно, но нужно как-то реализовать

Как сделать так, чтобы модальные окна оставались при переходах между страницами сайта?

Аяксом получать контент страницы не перезагружая ее. Надо уметь ajax + pushstate

Каждая новая страница имеет свой URL