Опыт программирования на java вам подойдет в гораздо большем количестве мест, чем знание c# (и точнее .net framework, так как обычно говоря c# подразумевают сразу и язык, и среду разработки и библиотеки от майкрософта).
Как я зык, java — это и веб, и все mobile (как старое так и новое — android), и desktop, и игры и самое главное — кроссплатформенность.
В минусах — грустная политика oracle, владельца java как технологии так и пула патентов. И как результат, смутное далекое будуще. Но c# 'держит за горло' еще более худший монстр — microsoft…