rPman

Почти наверняка вы 99% времени меняете DOM объектов, которых даже не видно на экране, так выставьте их реальное перемещение на скроллинг, двигая только те элементы, что сейчас видимы на экране.

Если вам действительно нужна сложная анимация, где элементы двигаются независимо (а иначе их можно было бы разместить в едином div-е и двигать его максимально оптимально) то да, у вас проблема и придется менять используемые инструменты. Например чуть более эффективно работает SVG а еще более эффективно canvas и конечно же 3d-рендеринг с использованием видеоускорителей.

p.s. 99% проблем создает именно HTML DOM, на его изменения обычно тратится уйма времени.

Никуда оно не ссылается, Том 2.pdf - это имя файла из которого было получено содержимое этой страницы.
Страницы - набор картинок
скрипт там примитивный, на scroldown делает запрос
https://abc.vvsu.ru/book/2145181393/file3
где 3 - номер страницы
возвращает html текст

вы можете запрашивать их чем угодно и объединять простой конкатенацией, полученный документ html так же необходимо догрузить (там в основном картинки) либо программно либо натравить на него curl с ключом -p

Наверняка - корявые плагины в браузере у заказчика, к сожалению это наша реальность и с этим ничего не поделаешь. Попробуйте для отладки сохранить на сервере содержимое document.innerHTML и сравните с вашим.

где-нибудь сверху поставьте <a href="#" id="xxx"> а в нужный момент перейдите location.href = "#xxx";