Однажды столкнулся с такой же ситуацией, не знаю почему, но сразу пришло на ум, открыть другой сервер в Kitty (Putty) и WinSCP (благо были под рукой другие сервера с одинаковой системой (Debian)) и сравнить содержимое дерикторий на двух серверах, и выставить права/владельца аналогично «здоровой» системы.
Попробуйте, может вам это тоже поможет. Как вариант, поставить на виртуалку такую же ОСь как на сервере и сравнивать с ней.
Пусть и долго, зато рабочий способ. И меня он выручил.
