qxfusion

создал бесплатный SSL-сертификат от startssl
и
Нужна максимальная безопасность.
слабо совместимы…

Советую сразу взять Server 2012 Datacore — а так стандартно, фаервалл (можно стандартно), настройки пользователей, запуск IIS с пониженными привилегиями, залив данных тоже ограничить. Остальное зависит от того какая платформа у сайта…

Тут явно видна просадка дисковой подсистемы — для сервера который Вы указали можно установить.

Дисковая подсистема:
(1) 2 x FusionIO ioDrive 160GB PCI-E — в режиме увеличенной производительности (доступная емкость будет уменьшена в 2 раза до 80GB) — соединив в soft RAID0 (по цене это будет где-то 2 x 2-2.5k$) (по IOPS подойдут для обоих баз)
(2) 3 x SCSI 146GB RAID5 — бэкап с FusionIO
(3) 2 x SAS 10k 300GB — для системы

Память:
увеличить размер памяти до 48GB 12x4GB

По поводу конфигурации нового сервера — то порекомендовал бы HP DL серия Gen8 исходя уже из оставшегося бюджета