при использовании MFC все равно ухудшиться (ну не так конечно - форм вообще элементарно декомпилируется) тем не менее - как только начинается работа с окнами, можно отлавливать хендлы и сообщения
в частности такие программы у на порядок проще "ботизировать" к примеру. тем же AutoIt
upd - за протектор ни чего конкретно не скажу. любой протектор значительно усиливает защиту. строго говоря, даже бесплатный дотфускатор в комплекте студии, защитит даже программу на c#/WinForms от школоты. от профессионалов нет, но что бы вами занались профессионалы, ваша программа/данные к которым она дает доступ, должны приобрести какую то значимость. либо головокружительный коммерческий успех (либо вы напишите очередной мега опасный вирус ;)))
