indexOf ищет вхождение начиная с позиции, указанной вторым аргументом. Ищет она всегда вперед, т.е. вправо. Т.к. вы задали начальную позицию -1, то искать будет начиная с символа «3» и дальше вправо. Естественно, что точки там не найдется и функция справедливо вернет -1 (не найдено).
А какой, собственно, результат вы ожидали при таких аргументах?
