Если я правильно понял вопрос и вы хотите грузить файлы по отдельности, то у плагина gulp-sass (и у node-sass, есс-но, тоже) есть опция includePaths
В этой опции можно перечислить массив путей до папок, а в main.scss соот-но можно подключать файлы, начиная от этих путей