Вопрос древний, но мало ли кому...

Прикольный способ как-то вычитал, периодически пользуюсь.
Создаем Adjustment слой к слою, который хотим подвинуть или масштабировать. Изменяем координаты или масштаб у этого Adjustment слоя, соответственно эти величины изменятся и у нашего слоя горемыки.
Ну, а потом Adjustment слой можно тупо удалить. Вуаля.