qlr

Спасибо BoShurik за наводку.
С помощью DataTransformer решить проблему не удалось, почему-то данные он всё равно не преобразовывал. Поэтому пошел костылем, сделал SUBMIT event на форме и такой код:

->addEventListener(FormEvents::SUBMIT, function (FormEvent $event) {
                $user = $event->getData();
                $form = $event->getForm();
                if (!$user) {
                    return;
                }
                $manager = $user->getManagerId(); 
                if (!$manager) {
                    return;
                }
                $user->setManagerId($manager->getId());
            })

А ведь надо было всего лишь почистить кэш...