Как правильно? Вопрос интересный :) Нередко приходится отрисовывать некоторые решения. Используются 2 принципа: понятность и краткость. С течением времени форма может немного корректироваться, но суть неизменна.
Для отрисовки пользую визио. Канальный уровень (физические соединения) и сетевой (логические) просто представляются на отдельных схемах. VLAN'ы определяются как обычные связи, только выделяются разными цветами.
В качестве примера можно глянуть
routergods.com. Там парнишка видео выкладывает (готовится к сдаче CCIE) и судя по информации (как-то копал) работает в немаленьком штатовском провайдере. У него можно поучится.