pyshevy

Если правильно понял задачу:
1. Создаем ярлык указанного приложения.
2. Запуск указанного приложения без окна консоли.
3. Запущенное приложение не будет светиться в трее.
4. Приложение будет добавлено в автозагрузку.
5. Винда.

1. Используем vbs скрипт для тихого запуска, silent.vbs:

Set WshShell = CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.Run chr(34) & "C:\machine\mynote.exe" & Chr(34), 0
Set WshShell = Nothing

2. Запуск и добавление в автозагрузку через Python:

import os
import winshell

def create_autostart_link_for_vbs(application_path, link_name, start_directory="", icon_directory=None):
    # Путь к папке автозагрузки
    startup_folder = winshell.startup()
    
    # Путь, где будет храниться ярлык
    link_path = os.path.join(startup_folder, f"{link_name}.lnk")
    
    # Создание ярлыка
    with winshell.shortcut(link_path) as link:
        link.path = application_path
        link.description = f"Link for {application_path}"
        link.working_directory = start_directory
        if icon_directory:
            link.icon_location = (icon_directory, 0)

    return link_path

# Путь до vbs скрипта
path_to_vbs = r"C:\machine\silent.vbs"

# Юзаем
create_autostart_link_for_vbs(path_to_vbs, "AutostartAppWithoutWindow")

Важно! Приложение может по разному реагировать на то, если его запускают в тихом режиме.