У меня Ubuntu 16.04, печенье хранятся нормально. Откройте DevTools в Chromium (F12), откройте вкладку Application, там вкладку Cookies и выберите ресурс. Если Cookies там есть, то дело не в них. Может быть в настройках браузеров.
Сейчас не могу сказать как именно называются пункты меню (сижу на линуксе), но помню, что через "Свойства" можно указать некоторые атрибуты файлов/папок, есть атрибут "Скрытый".
