Изменил файлы только на одном из дисков и спрашиваешь? Разумеется, да.
RAID1 читает с обоих разделов в любом удобном порядке. Если информация не синхронизирована, то возможны какие угодно глюки.
Надо было загружаться с выдернутым диском и потом отдельно синхронизировать.