Вы можете монтировать свободные разделы в нужные Вам папки. Например имеет смысл держать /home на большом разделе. Вы можете использовать симлинки,
изменяя реальное расположение каталогов. Не забывайте делать команду sudo apt-get clean чтобы удалять скачанные пакеты.