Можно контролировать любые логины с помощью модуля pam_exec.so. Он выставляет переменные окружения с информацией о пользователе и может вызывать скрипт для их разбора. Статью не напишу, но это универсальный путь для кустом контроля механики pam.
Вы можете монтировать свободные разделы в нужные Вам папки. Например имеет смысл держать /home на большом разделе. Вы можете использовать симлинки,
изменяя реальное расположение каталогов. Не забывайте делать команду sudo apt-get clean чтобы удалять скачанные пакеты.