3 недели нормальный срок.
Яндекс все изменения проиндексировал, но в поисковой выдаче страничка все равно ищется по старым ключевым словам.
Нужно смотреть не по старым, а по новым ключевым словам. Какая вам разница, что там со старыми?
Вообще это значит, что Яндекс считает те старые запросы более релевантными для данной страницы.