Советую группировать руками. Так будет лучше всего. Используйте фильтры, стопслова, анализы групп и т. д. в словоёбе (не помню какие инструменты есть в нем, но в КК точно есть). При составлении кластеров опирайся на логику и конкурентов.
Вот допустим у тебя собрался кластер такой:
острая мигрень
отчего мигрень
отчего бывает мигрень
отличие мигрени от головной боли
откуда мигрень
откуда берется мигрень
Давай рассуждать. Ключ: "острая мигрень". Зачем он? Что надеется получить пользователь зайдя по этому ключу? Это слишком общий запрос - ты не понимаешь, что он хочет увидеть - описание болезни, купить лекарство или как её лечить. Нужно смотреть выдачу и решать, есть ли там сайты, аналогичные твоему. В зависимости от этого оставлять или удалять ключ.
Ключи:
отчего мигрень
отчего бывает мигрень
откуда мигрень
откуда берется мигрень
Подходят друг к другу, так как отвечают на один вопрос пользователя. Этот кластер можно расширить и добавить в него НЧ запросов. Например я сделал простой запрос в вордстате и могу посоветовать добавить как минимум еще ключей:
почему мигрень 604
почему возникает мигрень 55
почему бывает мигрень 47
почему появляется мигрень 27
почему начинается мигрень 27
почему происходит мигрень 19
почему болит голова +при мигрени 18
Также можешь добавить сюда поисковые подсказки, релевантные запросы, правую колонку вордстат и т. д.
Ключ "отличие мигрени от головной боли" не совсем подходит к данному кластеру по-моему мнению, но нужно смотреть выдачу опять же. Если в топе стоят лонгриды, которые в одной статье ранжируются по разным кластерам, то можно расширять и делать также. Например писать статью: "Мигрень и всё что с ней связано" (грубый пример привожу). И в ней описывать вообще все вопросы, которые могут возникнуть, т.е. что это за болезнь, почему она происходит, как её лечить, какие лекарства покупать, мигрень у детей, мигрень у взрослых и т. д.
В другой ситуации, если такого в выдаче нет - я все же склоняюсь сделать отдельную страницу и на ней описать отличие мигрени от головной боли. Но без погружения в тематику не сказать.
Короче говоря главный совет - смотри выдачу топ 5 хотя-бы, анализируй и руководствуйся логикой. Представь себя пользователем, что ты вбиваешь эти запросы и что ты надеешься увидеть по ним.