Стиль пьяного девелопера Вам идеально подойдет! :)
Лучше иметь модульность. Лучше иметь правильный маршрутизатор. Лучше иметь какую-то структуру, например MVC. Лучше придерживаться каких-то принципов, например ООП. Лучше не писать спаггети-код.
Еще лучше - заглянуть в простенький фреймворк или популярную качественную CMS и изучить как устроено там и подумать как это можно применить у себя.
И вопрос очень туманный с множеством неизвестных. Скорей всего советы, которые будут даны, не дадут ответ на Ваш вопрос "как лучше".