protven

Вы совершаете типичную ошибку новичка, вместо того чтобы учить спринг, начинаете задаваться вопросом-
"А что выгоднее <тут какой-то абстрактный вопрос, который нужно решать уже в боевом проекте>".
В целом это такой себе вариант проявления прокрастинации.

У вас сейчас есть дефицит памяти при деплое ? Если да, то докупите памяти, она стоит копейки или не запускайте много экземпляров приложения и продолжайте учить спринг.
Если нет, то продолжайте учить спринг.

PS Разница есть, и она в пользу одного Томката на несколько приложений. Но разница ничтожная. Использовать ембеддед контейнеры сервлетов выгоднее с точки зрения микро-сервисной архитектуры. Но вам это сейчас не нужно.

TomCat - контейнер сервлетов. Glassfish - референсная реализации сервера приложений JEE. То есть кроме контейнера сервлетов, GF содержит в себе реализации других технологий JavaEE, например EJB, JPA, JMS и тд.

Если пишите на спринге - берите Томкат и не парьтесь.

mvnrepository.com/artifact/tomcat/jasper-compiler-jdt

Вот этой штукой он компиляет, емнип. Никакой javac конечно не запускается.

Томкат вообще не веб-сервер. В качестве веб-сервера в нем используется Apache Coyote. Осильте статью на вики для начала. А насчет "неполноценности", вы наверное веб-сервер перепутали с сервером приложений - Apllication Server. Типа weblogic, glassfish или jboss. Начните с вики в общем. потом в гугл "разница между контейнером сервлетов и сервером приложений." Потом какую-нибудь книгу по JavaEE (десятки их).
А задавать такие вопросы - не уважать себя и окружающих.