Делайте так как понятно вам или команде. Главное, чтобы просто было понятно где что и не забывать эти стили применять для удобной корректировки сразу во всем проекте.
Можно делить стили цветов по группам (Blue/Base, Blue/Dark, Blue/Accent, Blue/Link и т.п.), можно делать группы наоборот - Base/Blue, Base/Green, Secondary/Blue, Secondary/Green, Links/Active, Links/Visited и т.п. Можно еще как-либо более удобно под проект. Со стилями текста, эффектов и прочего аналогично.
В сети масса материалов по дизайн-системам, в том числе, с примерами. Посмотрите как сделано у других и поймете как нравится вам.