Да, при создании чистой восстановит только уникальные. См.
обсуждение
Можно еще скриптом удалить дубли, но забэкапить будет быстрее. Я на 10 миллионах пробовал. На Питоне это было так
from pymongo import MongoClient
connection = MongoClient('localhost', 27017)
db = connection.mydb
table = db.mytable
for doc in table.find():
idx = doc['_id']
qw = doc['qw']
table.remove({'qw' : qw, '_id' : {'$ne':idx}})
И шло очень медленно (индекса-то нет)
А вот удаление агрегацией (примерно так) прошло меньше чем за минуту
db.table.aggregate([{$group:{'_id':'$qw'}}, {$out:'newtable'}], {allowDiskUse:true})
