Огромные коды надо инкапсулировать - вынести в отдельные блоки.
Как уже было сказано выше - это могут быть функции.
Или методы классов.
Или просто отдельные файлы с кодом которые потом подключать так:
if ($var > 1) {
include 'file1.php';
include 'file2.php';
}
else {
include 'file2.php';
include 'file1.php';
}