Сам разобрался. Зря наверное вопрос создавал. В AutoMapper есть перегруженный метод, который отображает исходный объект на существующий объект. Т.е. все поля из ViewModel отобразятся на Model, а "лишние" поля Model останутся без изменений.
//...
Model fromDb = GetModelFromDbById(id);
Model model = Mapper.Map<ViewModel, Model>(viewModel, fromDb);
Если вдруг данные способ не во всех случаях подойдет или можно как-то получше сделать, пишите свои ответы