Проследите чтобы пользователи имели одинаковые логины. В таком случае просто переключаем приоритеты User Directories и всё.
Если пользователи разные — временно отключите новую базу и переименуйте старых пользователей. Учтите возможные проблемы с потенциальной потерей членства в группах.
Имел схожую проблему — переход от LDAP-сервера подразделения к центральному серверу LDAP, всё прошло ОК кроме групки пользователей чьи логины различались.
Вылечилось переименованием пользователей.