Александр Попов

Если вам хочется непременно напрямую - то поднимайте VPN и юзайте любую программу типа HandyBackup или её бесплатные аналоги (например, z-sync как вариант). Если облако всё-таки вариант - мне лично нравится сервис Sync (очень компактный клиент, возможность выбирать произвольные каталоги на диске для синхронизации, а не только в рамках одной папки, и поддержка Windows XP, что для меня очень важно). Сейчас аналогов с поддержкой этой ОС в принципе больше нет.

Поищите аналоги Z-Sync (это утилита под Windows) или GoodSync
Возможно, где-то есть Linux версии. Под виндой там со скоростью очень хорошо, отслеживаются изменения для каждой папки, передаются только изменённые данные, куча настроек (можно задать, чтобы удалённые локально не удалялись удалённо, ставить расписания, назначать пред- и пост- операции и т.д.), разные типа точек синхронизации (FTP/SFTP в наличии), возможность возобновления синхронизации после внезапной остановки (у второй утилиты). Обе имеют бесплатный период, у второй 14 или 30 дней полноценный триал, потом отрубается.