polozad

Дали же вам cgroups, чего не пользуетесь?

Ну он же просит удалить файл мануала, почему бы не попробовать? rm -f /usr/local/share/man/man1/cloudmd.1, не? И вывод дебаг лога покажите, который npm-debug.log.

Начинающий линуксоид должен читать вывод, а не проматывать. И заканчивающий - тоже.

Доступность DNS под сомнением. Конфиги eth0 и resolv.conf в студию. И проверьте-таки сервер имён на вменяемость.

Это весь вывод?

Поставьте перед ним nginx. Даже два воркера разгрузят Apache от левых коннектов.

Какой там mpm стоит? Worker?

Типичная проблема - большие логи, которые удалены, вернее, количество хардлинков у которых меньше единицы. С точки зрения системы файл удалён, на деле же он может быть открыт на запись/чтение и не удалён физически. lsof +L1 покажет список таких файлов. Ну и выход из такой ситуации - только перезапуск сервиса, который держит файл.