Какая версия PHP? Может быть баг самой PHP
https://bugs.php.net/bug.php?id=68063 и просто пора обновиться?
Либо проверять успех выполнения session_start() и в случае неудачи генерить свой.
Либо если эти ошибки идут на вывод пользователям, то злоумышленник специально в куки в session_id запихивает некорректные символы и получает ошибку, чтобы посмотреть пути.
