Решение:
Сайт-донор проверял какую-то оплату и не давал загрузить один из потоковых блоков
[https @ 0000027daf2b2a80] HTTP error 402 Payment Required
[hls @ 0000027dae5f7e40] Failed to open next segment 1696 of playlist 0

А т.к. mp4 не выдерживает каких-либо аварийных ситуаций то попросту ломался, помогла смена на mkv, теперь все записи стабильно сохраняются и читаются даже с учётом HTTP error 402 Payment Required.
Всем спасибо!