Отвечу лишь на некоторые вопросын:
2) OpenCart — нормальный код для знакомства с языком:) это как книгу прочитать: независимо от того, хорошая или плохая книга после ее прочтения получаешь профит в виде понимания как надо или не надо писать.
3) Да, это стиль кода, помогающий в случае ошибки моментально ее локализовать. Считается хорошей практикой.
5) Верстку для пхп нужно делать также, как и обычной страницы, только «вкрапливать» пхп-код. Если использовать какой-либо MVC фреймворк, то верстать становится проще, как раз по тому, что все разделено — подсовываешь вьюверу данные и все.
По своему давнишнему опыту (лет 7 назад, когда только брался за веб) не советую использовать Dreamweaver, поскольку он использует (или использовал, а счас все нормально?) грязную разметку с лишними элементами, с лишними позиционированиями в абсолют.
5-2) возможно, низкая производительность — из-за качества скриптов, попробуйте оптимизировать.