То есть можно конечно привязаться к разным уровням приложения в тестах — но в данном случая как я понимаю — вы не можете привязаться ни к чему — поэтому предлагаю привязаться к самому верхнему уровню из возможных, рассматривая внутренности приложения как блек бокс.
Все остальное очень зависит от делатей самого проекта — почему у вас там не получается оргинизовать подобие интеграционных тестов.