В общим, решение было принято следующее.
Я сделал exe`шник, который на вход принимает различные параметры, в зависимости от которых выполняется та или иная функциональность. из C# программы вызывается этот файл, на вход передаются нужные параметры и все работает:)
Получилось довольно удобно и быстро. Думаю это один из самых дешевых способов, когда не знаешь круто всякие маршалинги итп.
Всем спасибо!