Удобнее всего это сделать через partial класс.
Все классы, создаваемые EF, уже являются partial, т.е. можно создать еще один класс с таким же именем, тоже объявить его partial и дописать в него требуемую функциональность. После компиляции partial классы сольются в один. Важно: partial классы должны лежать в одном неймспейсе.
В моем случае EF классы лежат в папке Model/Entities. Я создал папку Model/EntitiesExt и в ней создал partial класс Employees. Переименовал вручную при этом неймспейс Model.EntitiesExt в Model.Entities. Таким образом оба класса оказались в одном неймспейсе, хотя и в разных папках. Дописал в свой Employees метод IsValid и, собственно, на этом все. Если вдруг перегенерировать EF классы, то мой класс останется нетронутым.
