Оптимизировать тут надо не запрос, а таблицу:
* отключать все индексы, чтобы они не перестраивались
* отключать FK, чтобы не было проверок целостности. (зависимости чистить вручную)
* Если записей милионы, то можно сделать партиции и чистить партиции ALTER TABLE t1 TRUNCATE PARTITION p0; (пимер из Oracle)
* Отключать все триггеры
и т.д. нужно ограничить влияние всех внешних факторов.