Можно создать php файл на который бы отправлялась информация собранная из фильтра с index.php . Там сопоставляй полученные данные от фильтра с названием колонок в таблице и генерируй sql запрос. С полученным ответом из базы рисуй заново страничку (предустанавливая фильтры).
А вообще лучше разделить бы код на логику, шаблоны и модели. Обращения к базе можно делать через PDO.