Если Marzban на том же хосте что и мессенджер — достаточно заблокировать один IP, и оба сервиса падают разом. Это главный риск первого варианта.
Второй вариант геморройнее в поддержке (надо апдейтить конфиг на клиентах), но зато мессенджер живёт независимо от VPN-инфраструктуры.