Евгений

Нормальное поведение. Точки можно использовать, а можно не использовать.
А вам просто необходимо разобраться с путями в php.
По апачу, если у вас в глубине проекта на php происходит обращение к не существующему файлу, так как он лежит по иному пути, веб-сервер вам не помощник.

При инициализации пакета автоматически вызывается функция init() (если она определена), в ней можно указать нeобходимую логику для старта.